กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์เป็นหน่วยงานของกระทรวงสาธารณสุข ที่ทำหน้าที่วิเคราะห์วิจัยทางห้องปฏิบัติการด้านไวรัสวิทยา พยาธิวิทยาคลีนิค สมุนไพร ชีววัตถุ กีฏวิทยาทางการแพทย์ อาหาร ยา พิษวิทยาและอันตรายจากรังสี แต่เนื่องจากที่ผ่านมางานของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ส่วนใหญ่เน้นหนักด้านการบริการตรวจวิเคราะห์และชันสูตร ส่วนด้านการวิจัยยังมีความจำกัดหลายด้าน เช่น สถานที่ อุปกรณ์ และพื้นฐานวิชาการที่เหมาะสม กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์จึงจัดทำโครงการ "สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข"โดยได้รับความเห็นชอบจากกระทรวงสาธารณสุข ให้ขอความช่วยเหลือจากรัฐบาลญี่ปุ่น ด้านการก่อสร้างอาคารสถานที่ อุปกรณ์วิจัย และความช่วยเหลือทางวิชาการเมื่อเดือนมีนาคม 2524 ต่อมาได้ปรับปรุงโครงการใหม่ และในเดือนเมษายน 2526 ศาสตราจารย์นายแพทย์เสม พริ้งพวงแก้ว รัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขขณะนั้น ได้ติดต่อผ่านสถานเอกอัครราชทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทย ให้รัฐบาลญี่ปุ่นพิจารณา ให้ความช่วยเหลือโครงการดังกล่าวในลักษณะให้เปล่า สำหรับการก่อสร้างอาคารและอุปกรณ์วิจัยรัฐบาลญี่ปุ่นเห็นชอบในหลักการเบื้องต้น จึงได้ส่งคณะเจ้าหน้าที่นำโดย ดร.เรียวสึเคะ มูระตะ มาศึกษาข้อมูลและจัดทำข้อตกลงการให้ความช่วยเหลือ รวม 2 ครั้ง คือเดือนพฤศจิกายน 2526 และกุมภาพันธ์ 2527

        คณะรัฐมนตรีเห็นชอบ ให้กระทรวงสาธารณสุขรับความช่วยเหลือจากรัฐบาลญี่ปุ่น เมื่อ 18 กุมภาพันธ์ 2527 รัฐบาลญี่ปุ่นได้อนุมัติเงินช่วยเหลือโครงการในชื่อ โครงการจัดตั้งสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุขแห่งชาติ รวม 3,906 ล้านเยน คิดเป็นเงินไทยขณะนั้นประมาณ 400 ล้านบาท โดยแบ่งความช่วยเหลือเป็น 2 งวด และมีการลงนามในหนังสือแลกเปลี่ยนโครงการความช่วยเหลือที่กรมวิเทศสหการ เมื่อ 8 มิถุนายน 2527 และ 10 กรกฎาคม 2528 ตามลำดับในการนี้รัฐบาลไทยรับผิดชอบค่าใช้จ่ายสำหรับการถมที่ดิน ทำถนน รั้ว ติดตั้งไฟฟ้า โทรศัพท์ และประปา ตลอดจนอำนวยความสะดวกการเข้าประเทศของเจ้าหน้าที่ฝ่ายญี่ปุ่น และการนำเข้าเครื่องมือและอุปกรณ์สำหรับโครงการ

 องค์กร 

      สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข เป็นหน่วยงานมีฐานะเทียบเท่ากองในสังกัดกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ ตั้งอยู่เลขที่ 88/7 ถนนติวานนท์ ตำบลตลาดขวัญ อำเภอเมือง จังหวัดนนทบุรี 11000 เริ่มก่อตั้งเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. 2540 โดยรวมสถาบันวิจัยไวรัส สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข (เดิม) กองพยาธิวิทยาคลินิก กองกีฏวิทยาทางการแพทย์ และส่วนหนึ่งของกองพิษวิทยาตามราชกิจจานุเบกษา

         สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข มีอำนาจหน้าที่ตามระบุในราชกิจจานุเบกษา ฉบับที่ ๔ เล่ม ๑๒๖ ตอนที่ ๙๘ ก หน้า ๗๔ (ข้อ ๒๑) ๒๘ ธันวาคม ๒๕๕๒ ดังนี้ เป็นห้องปฏิบัติการอ้างอิงด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์และสาธารณสุข และห้องปฏิบัติการวิจัยและพัฒนา ให้บริการตรวจวิเคราะห์ทางห้องปฏิบัติการและตรวจยืนยันทางห้องปฏิบัติการทางด้านชันสูตรโรค ได้แก่ แบคทีเรีย ไวรัส เชื้อรา พาราสิต ทางด้านสุขภาพ ได้แก่ โรคทางพันธุกรรม พิษวิทยา ชีวเคมี ทางด้านคุ้มครองผู้บริโภค ได้แก่ ตรวจวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์กำจัดพาหะนำโรคและให้บริการการทดสอบความชำนาญห้องปฏิบัติการ รวมทั้ง การให้บริการเชื้อ/สารมาตรฐาน

         สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข จะดำเนินการบริหารงานภายในหน่วยงาน ให้มีความสอดคล้องกับมาตรฐานที่องค์กรนำมาใช้เป็นไปตามความต้องการและความคาดหวังของผู้ใช้บริการทั้งภายในและภายนอก หรือผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย รวมถึงให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ของหน่วยงานรับรอง และเพื่อให้บรรลุวัตถุประสงค์คุณภาพของกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์

       ระบบคุณภาพที่ดำเนินการในสถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข ครอบคลุมทุกห้องปฏิบัติการถาวร

  โครงสร้างองค์กร 

         สถาบันวิจัยวิทยาศาสตร์สาธารณสุข แบ่งหน่วยงานตามราชกิจจานุเบกษา ออกเป็น 9 กลุ่ม และ 1 ฝ่าย ดังนี้